在医生那里治疗完毕后，方少云和方彩绮便离开了诊所。
在去公馆的路上，第一次与V交锋，在即将杀死对方的时候，白雪突然出现。最后阿尔·卡西姆和零被V带走。
此时零号在小女孩利维坦的呼唤下，慢慢唤醒了意识。并开始拒绝注射柯罗诺斯，但导致出现戒断反应，以至于精神不正常。
阿尔·卡西姆的死亡，让方少云使用柯罗诺斯成功将女空无拉进队伍。此时杀死元阀取得录像带的龙王，找上了门。就在三者准备合作的时候，零号突然出现。方少云选择断后。
方少云，龙王，女空无开始谋划着新麦加政府倒台的方法，随后便选择了舆论控制。并选择扶持基金会的乔什·罗斯，在新麦加政府倒台后成为第三区的掌控者。
最后在前往政府实验室的路上，再次遇到了零号。此时的零号已经选择了银之面具，以旁人死亡的代价换取自己的苟活。
两方再次交锋了起来，直到方少云从背包中拿出贝希摩斯的时候，零号才清醒过来。
最后三人一起杀向政府实验室，将新麦加政府曾经的所做所为全都公布了出来。
方少云并没有第一时间杀死莱昂，而是先将联界集团解决掉后，再选择离开。
再次与白雪战斗起来，联界集团掌握了半成品的柯罗诺斯，因此出现了不少超能力者。
大决战后，基金会成功成为第三区的执掌者。
游戏结束……
游戏通关数量突破一千万：新手教程结束。
真实世界开始进入崩坏时期，游戏中的怪物开始不断地涌现。以地域为单位，只有击杀掉最终BOSS后，才能正式离开。
所有的枪械武器都失去效果，手机仅能起的上游戏论坛的作用。
游戏世界无法主动进入，则是成为副本的形式。每个地域BOSS将会守护一个游戏世界的入口，当将完成主线任务后，入口将会自动关闭。
成就点可以用在随机出现的商店中，以不同的形式花费得到游戏世界的道具。
获得成就点渠道：击杀现实中的怪物100%，击杀游戏中的怪物50%（特殊模式除外）。击杀现实中的游戏玩家200%，击杀游戏中的游戏玩家150%。
成就点可以进行交易，游戏结算阶段保留。
进入游戏后，将会以真实的身体样貌进入，系统自动安排身份。
三天之内倘若没有通关游戏的话，将会自动随机成为游戏中的怪物。
正式剧情开始……
当方少云离开《武士零》游戏世界后，便被迫困到了租住的小区中。
和其他玩家并肩作战将该区域的BOSS击杀掉，但让他们没有想到的是，由于该小区的游戏玩家数量过多，因此BOSS等级以及数值强行提高了数倍。
最后方少云还是在方彩绮的掩护下，才成功地将BOSS击杀掉，而方彩绮因此则死在了BOSS手中。
方少云就像是使用月光宝盒一样，忍受着能力带来的巨大伤害，还要不断的穿越回去。但无论怎么穿越，其结果都是付出惨重的代价，才将BOSS击杀掉。好在最后成功将死亡的方彩绮换了一个状态：永久睡眠。
当方少云离开小区后，便在第一时间去寻找家人的踪迹。好在药典并非现实世界的产物，还可以正常的使用。
但当抵达他们所在位置的时候，却发现房间里空无一人。
如果是这样的话，那家人应该是进入到副本中了。
方少云索性就坐在原地，等待着家人的归来。
而自己则在不断使用着时间倒流能力，企图将方彩绮回复之前的样子。
就在方少云不断使用能力的时候，小区外面不知突然来了一批怪物。
那些居民看到后，便立刻发出了惨叫。
如果是以前的话方少云听到求救声会第一时间冲出去，但现在他则坐在原地对着惨叫声视而不见。
直到那些怪物侵犯到了方少云所处的位置，伴随着红色血光的出现，一具具尸体七零八落地躺在地上。散发出来的血腥味并没有吓退其他怪物，但后续所发生的事情则让地上的尸体越来越多。
方少云一边等待着，一边使用着时间倒流能力。
直到眼前出现了一个红色的传送门，看到母亲和妹妹在两边架着父亲从里面走了出来。
当看到方少云的那一刻，一家人便瞬间相拥了起来。
…………
此时的广阳市已经与几年前不同了，好多因战斗而破坏的地方都得到了修复。
家家户户都挂上了红色的灯笼以及彩带，让整个城市显得喜气洋洋了起来。
因为今天是九州联盟盟主大婚的日子，而人们对这件事情丝毫不敢怠慢。
“你们要知道在五年前世间动荡，不知名恐怖怪物横空出世。就在人类陷入水深火热的时候，一名名为方少云的拯救者突然出现。将那些怪物全都击退，并带领着新人类建立了家园，成为了我们九州联盟第三十七任盟主。”
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